A Hodinka Antal Nyelvészeti Kutatóközpont 2001-ben alakult az MTA határon túli magyar nyelvészeti kutatóhely-hálózat ukrajnai intézeteként. Tagja a  Termini Kutatóhálózatnak, mely egyesíti a határon túli kutatóműhelyeket. A Hodinka Kutatóközpont szorosan együttműködik testvérintézményeivel: a szlovákiai Gramma Nyelvi Irodával, a romániai Szabó T. Attila Nyelvi Intézettel és a szerbiai (vajdasági) Magyarságkutató Intézettel, a szlovéniai, horvátországi és ausztriai kutatókat egybefogó Imre Samu Nyelvi Intézettel, illetve a többi határon túli magyar régióban működő kutatóhellyel. Fennállása óta együttműködési megállapodást kötött az MTA Etnikai-nemzeti Kisebbségkutató Intézettel, az MTA Nyelvtudományi Intézettel, az ELTE Magyar Nyelvtudományi és Finnugor Intézettel, a dunaszerdahelyi Gramma Nyelvi Irodával, a kolozsvári Szabó T. Attila Nyelvi Intézettel és a veszprémi Pannon Egyetem Alkalmazott Nyelvészeti Intézeti Tanszékével stb.

A kutatóközpont a beregszászi székhelyű II. Rákóczi Ferenc Kárpátaljai Magyar Főiskola kereteiben és épületében működik. A kutatóközpont a Magyar Tudományos Akadémia és a Rákóczi-főiskola támogatja anyagilag.