Hodinka Antal másfél évszázaddal ezelőtt, a magyar források szerint 1864. január 13-án (az ukrán-ruszin kiadványok szerint február 7-én) született Zemplén vármegyében, Ladomér községben (ma Szlovákia).
Gyermekkora jelentős részét Szeklence (Сокирниця) községben töltötte (ma a Huszti járásban található). A gimnáziumot Máramarosszigeten és Ungváron végezte, végül Ung megye székhelyén érettségizett. Ungváron és Budapesten folytatta teológiai tanulmányait.
Anyanyelve, a ruszin és a magyar mellett kiválóan ismerte a görögkatolikus liturgia egyházi szláv nyelvét, az irodalmi orosz és szerb nyelvet, s természetesen jól beszélt németül és latinul is.
1888-tól az Országos Széchényi Könyvtár munkatársa volt, majd 1889-től az Osztrák Történeti Intézetnél volt ösztöndíjas. Bécsben többek között Vatroslav Jagić diákja is volt, akit a kor egyik legjelentősebb szlavistájaként ismertek el.
1891-ben doktorált a budapesti tudományegyetem bölcsészettudományi karán szláv filológiából, magyar történettudományból és oklevéltanból. A Millennium évében, 1896-ban szerezte meg teológusi diplomáját. 1892 és 1906 között Bécsben dolgozott és kutatott. 1905-ben nyert a budapesti Pázmány Péter Tudományegyetemen egyetemi magántanári kinevezést A magyar és szláv érintkezések története 1526-ig című munkájának megvédésével. Még ebben az évben, mint a Magyar Tudományos Akadémia ösztöndíjasa, Rómában, Budapesten, Munkácson, Ungváron, Leleszen kutatta a Munkácsi Görögkatolikus Egyházmegye történetét.
1906-ban nevezik ki a pozsonyi jogakadémia tanárává. 1910-ben a Magyar Tudományos Akadémia levező tagjává lesz.
1916-ban nevezik ki Pozsonyban az Erzsébet Tudományegyetem professzorává. Az első világháborút lezáró trianoni békedöntés után a pozsonyi Erzsébet Tudományegyetem infrastruktúráját a csehszlovák hatóságok saját céljaikra foglalták le, az egyetem hallgatóinak és tanárainak jelentős része azonban, köztük Hodinka is, Budapestre költözött. Az Erzsébet Tudományegyetem végül 1923-ban Pécsre települt, ahol Hodinka Antalt az 1926-1927-es tanévben a Bölcsészkar dékánjává, majd az 1932-1933-as akadémiai évben az egyetem rektorává választották. 1933-ban lett a Magyar Tudományos Akadémia rendes tagja.
1934-től nyugdíjasként Budapesten telepedett le, s itt folytatta kutatásait. Ám amikor 1939-ben a mai Kárpátalja ismét a Magyar Királyság része lett, újra közéleti feladatokat vállalt. Hodinka Antal lett az 1941-ben létrehozott úgynevezett ruszin akadémia, azaz a Kárpátaljai Tudományos Társaság első elnöke. Ezt a tisztségét 1943-ig töltötte be. 1946. július 15-én hunyt el Budapesten.
A szocializmus építésének időszakában az elkötelezett ruszin és következetes tudós Hodinka Antal nevét nem volt ildomos emlegetni, munkáira nem hivatkoztak a pártos történészek, nyelvészek. Munkásságának újraértékelése elsősorban a Nyíregyházi Főiskola szlavista nyelvészének, Udvari Istvánnak a nevéhez fűződik. Sokat tett Hodinka munkásságának kárpátaljai megismertetéséért, újrafelfedezéséért Soós Kálmán történész. 1993-ban mindketten részt vettek a Hodinka Antal emlékkönyv szerkesztésében.
Hodinka Antal történészként, nyelvészként, a Munkácsi Görögkatolikus Egyházmegye kutatójaként, a szláv-magyar történeti és nyelvi kapcsolatok tudósaként alkotott maradandót a tudományban. 1900-ban jelentős tanulmányt publikált Az Osztrák-Magyar Monarchia írásban és képben című összefoglaló kiadványban A rutének címmel. Legnagyobb tudományos jelentőségű munkájának A munkácsi görög-katholikus püspökség története címmel 1909-ben kiadott kötetét tartják. Mások úgy vélik, az 1937-ben publikált „II. Rákóczi Ferenc fejedelem és a „gens fidelissima” című munkája a legjelentősebb.
Hodinka Antal tudományos munkái (a jegyzéket lásd itt) máig megkerülhetetlenek a munkácsi egyházmegye történetének, illetve a kárpátaljai ruszin közösség kutatói számára. Emlékét számos emléktábla (többek között a Pécsi Tudományegyetem főépületén, az Ungvári Nemzeti Egyetem Történetelem Karán, a budapesti Benczúr utcában, illetve Szeklencén) őrzi. A II. Rákóczi Főiskolán működő nyelvészeti kutatóműhely Hodinka Antal nevét viseli.